手动变速器的常见故障主要有跳挡、乱挡、挂挡困难、异响等，其故障现象、原因及故障排除方法分别如下：
1跳挡
现象：
汽车在加速、减速、爬坡或汽车剧烈振动时，变速杆自动跳回空挡位置
原因：
①自锁装置的钢球未进入凹槽内或挂挡后齿轮未达到全齿长啮合；
②自锁装置的钢球或凹槽磨损严重，自锁弹簧疲劳过软或折断；
③齿轮沿齿长方向磨损成锥形；
④一、二轴轴承过于松旷，使一、二轴和曲轴三者轴线不同心或变速器壳与离合器壳接合平面相对曲轴轴线的垂直变动；
⑤二轴上的常啮合齿轮轴向或径向间隙过大；
⑥各轴轴向或径向间隙过大。
故障诊断与排除方法：
先确知跳挡挡位，走热全车后，采用连续加、减速的方法逐挡进行路试便可确定将变速杆挂入跳挡挡位，发动机熄火，小心拆下变速器盖，观察跳挡齿轮的啮合情况。
①未达到全长啮合，则故障由此引起；
②达到全长啮合，应继续检查；
③检查啮合部位磨损情况，磨损成锥形，则故障可能由此引起；
④检查二轴上该挡齿轮和各轴的轴向和径向间隙，间隙过大，则故障可能由此引起；
⑤检查自锁装置，若自锁装置的止动阻力很小，甚至手感钢球未插入凹槽（把变速器盖夹在虎钳上，用手摇动换挡杆），则故障为自锁效能不良；否则，故障为离合器壳与变速器接合平面与曲轴轴线垂直变动等引起。
2乱挡
现象：
在离合器技术状况正常的情况下，变速器同时挂上两个挡或挂需要挡位时，结果挂入别的挡位。
原因：
①互锁装置失效，如拨叉轴、互锁销或互锁钢球磨损过甚等；
②变速杆下端弧形工作面磨损过大或拨叉轴上拨块的凹槽磨损过大；
③变速杆球头定位销折断或球孔、球头磨损过于松旷。
总之，乱挡的主要原因是变速器操纵机构失效。
故障诊断与排除方法：
①挂需要挡位时，结果挂入了别的挡位。摇动变速杆，检查其摆转角度，若超出正常范围，则故障由变速杆下端球头定位销与定位槽配合松旷或球头、球孔磨损过大引起；变速杆摆转°，则为定位销折断。
②如摆转角度正常，仍挂不上或摘不下挡，则故障由变速杆下端从凹槽中脱出引起（脱出的原因是下端弧形工作面磨损或导槽磨损）。
③同时挂入两个挡，则故障由互锁装置失效引起。
3挂挡困难
现象：
离合器技术状况良好，但挂挡时不能顺利挂入挡位，常发生齿轮撞击声。
原因：
①同步器故障；
②拨叉轴弯曲、锁紧弹簧过硬、钢球损伤等；
③一轴花键损伤或一轴弯曲；
④齿轮油不足或过量、齿轮油不符合规格。
故障诊断与排除方法：
①检查同步器是否散架、锥环内锥面螺旋槽是否磨损、滑块是否磨损、弹簧弹力是否过软等；
②如果同步器正常，检查一轴是否弯曲、花键是否磨损严重；
③检查拨叉轴是否移动正常。
4变速器异响
现象：
变速器异响是指变速器工作时发出的不正常的响声。
原因：
①齿轮异响。齿轮磨损过甚变薄，间隙过大，运转中有冲击；齿面啮合不良，如修理时没有成对更换齿轮。新、旧齿轮搭配，齿轮不能正确啮合；齿面有金属疲劳剥落或个别齿损坏折断；齿轮与轴上的花键配合松旷，或齿轮的轴向间隙过大；轴弯曲或轴承松旷引起齿轮啮合间隙改变。
②轴承响。轴承磨损严重；轴承内（外）座圈与轴颈（孔）配合松动；轴承滚珠碎裂或有烧蚀麻点。
③其他原因发响。如变速器内缺油，润滑油过稀、过稠或质量变坏；变速器内掉入异物；某些紧固螺栓松动；里程表软轴或里程表齿轮发响等。
故障诊断与排除方法：
①变速器发出金属干摩擦声，即为缺油和油的质量不好。应加油和检查油的质量，必要时更换。
②行驶时换入某挡若响声明显，即为该挡齿轮轮齿磨损；若发生周期性的响声，则为个别齿损坏。
③空挡时响，而踏下离合器踏板后响声消失，一般为一轴前、后轴承或常啮合齿轮响；如换入任何挡都响，多为二轴后轴承响。
④变速器工作时发生突然撞击声，多为轮齿断裂，应及时拆下变速器盖检查，以防机件损坏。
⑤行驶时，变速器只有在换入某挡时齿轮发响，在上述完好的前提下，应检查啮合齿轮是否搭配不当，必要时应重新装配一对新齿轮。此外，也可能是同步器齿轮磨损或损坏，应视情况修复或更换。
⑥换挡时齿轮相撞击而发响，则可能是离合器不能分离或离合器踏板行程不正确、同步器损坏、怠速过大、变速杆调整不当或导向衬套紧等。遇到这种情况，先检查离合器能否分离，再分别调整怠速或变速杆位置，检查导向衬套与分离轴承配合的松紧度。
如经上述检查排除后，变速器仍发响，应检查各轴轴承与轴孔配合情况、轴承本身的技术状态等；如完好，再查看里程表软轴及齿轮是否发响，必要时予以修理或更换。
5变速器漏油
现象：
变速器周围出现齿轮润滑油，变速器齿轮箱的油量减少，则可判断为润滑油泄漏。
原因及排除方法：
①润滑油选用不当，产生过多泡沫，或润滑油量太多，此时需更换润滑油或调节润滑油；
②侧盖太松，密封垫损坏，油封损坏，密封和油封损坏应更换新件；
③放油塞和变速器箱体及盖的固定螺栓松动，应按规定力矩拧紧；
④变速器壳体破裂或延伸壳油封磨损而引起的漏油，必须更换；
⑤里程表齿轮限位器松脱破损，必须锁紧或更换；变速杆油封漏油应更换油封。